1. 부가가치세법의 규정에 의한 매입세액공제(환급)는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 또는 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자로부터 부가가치세법 제15조의 규정에 의하여 부가가치세를 거래징수하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 적법하게 교부한 세금계산서를 교부받은 공급받는 자가 자기의 과세사업과 관련이 있는 경우에 적용하는 것입니다.

다만, 사업자(공급자)가 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 공급받는 자에게 승계시키는 경우에는 부가가치세법 제6조 제6항의 규정에 의한 사업양도에 해당하여 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 보지 아니하므로 당해 거래에 대하여 공급자는 공급받는 자에게 세금계산서를 교부할 수 없는 것입니다.



2. 귀 상담의 경우 약국을 양도(공급자)하고 양수(공급받는 자)받는 거래가 사업양도에 해당하는 때에는 양수자는 양도자에게 부가가치세를 거래징수하지 아니하는 것이며, 세금계산서를 교부할 수 없는 것이므로 앙수자는 부가가치세법의 규정에 의한 매입세액(거래징수당한 부가가치세)을 공제(환급)할 수 없을 것입니다. 다만, 사업양도임에도 불구하고 양도자가 부가가치세법 제15조의 규정에 의하여 양수자로부터 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 교부한 후 그 거래징수한 부가가치세를 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시 신고납부한 경우에는 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 보는 것으로이 경우 당해 세금계산서를 교부받은 양수자는 그 매입세액을 공제(환급)할 수 있는 것입니다.



3. 참고로 약국을 양도(공급자)하고 양수(공급받는 자)하는 거래가 사업양도에 해당하지 아니하는 때에는 양수자는 양도자에게 부가가치세를 거래징수하면서 반드시 세금계산서를 교부하는 것이며 이 경우 당해 세금계산서를 교부받은 양수자는 양도자의 부가가치세 신고납부여부와 상관없이 그 매입세액을 공제(환급)할 수 있는 것입니다.